בעוד שמאווררים צנטריפוגליים וציריים מניעים אוויר, הם מיועדים לצרכים תפעוליים שונים. מאווררים צירים מניעים כמויות גדולות של אוויר בלחץ נמוך, מה שהופך אותם למתאימים למשימות אוורור פשוטות שבהן האוויר זורם בחופשיות. מאווררים צנטריפוגליים, לעומת זאת, בנויים עבור יישומי לחץ גבוה- שבהם האוויר חייב לעבור דרך תעלות, מסננים או מכשולים אחרים. היכולת של המאוורר הצנטריפוגלי ליצור לחץ פירושה שהוא יכול לשמור על זרימת אוויר גם כאשר הוא מתמודד עם התנגדות, משימה שתגרום למאוורר צירי להיעצר או לאבד יעילות.
גם המבנה של שני הסוגים שונה באופן משמעותי. מאווררים צנטריפוגליים מגושמים יותר, עם בית ספירלי ואימפלר רדיאלי, בעוד שמאווררים צירים הם קומפקטיים, עם להב בסגנון מדחף במארז גלילי. הבדל זה משפיע על ההתקנה והתחזוקה: מאווררים צנטריפוגליים דורשים יותר מקום אך קל יותר לתחזק אותם במערכות בלחץ גבוה-. רמות הרעש הן הבחנה מרכזית נוספת; מאווררים צנטריפוגליים נוטים להיות שקטים יותר ממאווררים צירים בקצבי זרימת אוויר מקבילים, מה שהופך אותם לעדיפים עבור יישומים פנימיים. עבור תהליכים תעשייתיים הכוללים איסוף אבק, שאיבת אדים או תעלות מורכבות, מאווררים צנטריפוגליים מציעים רמת ביצועים ואמינות שמאווררים צירים אינם יכולים להשתוות אליהם.
